Se ha descrito que la profilaxis mediante pomadas antibióticas reduce significativamente el riesgo de desarrollar oftalmía neonatal 149. Sin embargo, queda por resolver cuál es la medicación profiláctica más efectiva, el régimen y momento de la administración más adecuados.
Por otra parte, existe preocupación sobre las consecuencias que la alteración de la vista y el olfato del RN ocasionada por la profilaxis puedan tener sobre el reconocimiento del pecho materno y el inicio de la lactancia.
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